Introduction for HPC in BUCT

写在前面

官方网站: http://hpc.buct.edu.cn
作业管理系统: IBM Platform LSF
更多帮助文档可参考上交的超算中心文档，但有些咱学校未必能适用。
清华HPC手册下载
目前qtest及以上的队列可用，qtest免费，qtest以上队列收费

登陆可参照SSH简易使用

提交作业，COMMAND 加引号是为了防止命令内>重定向错误

1	$ bsub -q QUEUE -n Z -i INPUTFILE -o %J.out -e %J.err "COMMAND"

特殊情况下需要指定host_name来避免单节点内存压力太大。
如串行的SVseq2需要读入参考基因组3G，节点的内存为6*4G，有的节点可以同时运行8、12、甚至20个作业，一旦作业使用内存超过24G，效率就会降低。

1	$ bsub -m host_name ……

查看作业

1 2	$ bjobs $ bjobs -a -l

查看队列

1 2	$ bqueue $ bqueue qtest

杀死作业

1	$ bkill JOBID

添加~/bin/bkillall如下，可使用该命令杀死当前用户所有作业（输错命令时使用，慎用，会杀掉别人在该用户下提交的作业）

1 2	#!/bin/bash bkill `bjobs \| grep ^[0-9] \| awk '{print $1}' `

查看标准输出(stderr/stdout)

1 2	$ bpeek $ bpeek JOBID

可在.bashrc里面加入如下，方便简单调用

1
2
3

alias bq='bqueues'
alias bs='bsub'
alias bj='bjobs'

busers/bmod/bstop/bresume/qdel/qstat……

杀死僵尸进程: bkill -r JOBID
查看作业标准输出(一直查看)，home目录下有.lsbatch目录，找到对应以JOBID.out结尾的文件，然后tail -f $outfile即可