NGS分析常用数据库简介

近些年，随着DNA测序技术的快速发展，基因组测序数据也以指数形式高速增长。由于测序的高通量性以及数据的复杂性，一些小实验室自身不具备处理和管理数据的能力。为了进一步管理和维护数据，一些大型科研机构建立了生物信息数据库，得益于计算机和网络的大发展，许多数据库公布在网上，供全世界科研界共享。

根据存储数据的类型可将数据库分为核酸序列数据库，蛋白序列数据库。较早的核酸序列数据库有美国国家生物技术中心（NCBI）的Genbank、欧洲生物信息研究所（EBI）的EMBL以及日本的DDBJ，三个数据库每天同步。

NCBI和EBI是常用的数据库，包括千人基因组数据也分别挂在里面。常用到的NGS数据库有NCBI的SRA（Sequence Read Archive）和EBI的ENA（European Nucleotide Archive）。

此外dbSNP为SNP和小型变异的数据库；DGVa和dbVar、DGV为基因组结构变异的数据库。

除了NCBI，基因组研究常用到的还有UCSC和Ensembl，UCSC提供了好多工具，诸如基因组浏览器等，推荐丁香园的一篇帖子，里面有一些使用说明资料可供查阅。