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NGS分析介绍二:运行环境和技能

NGS分析介绍二:运行环境和技能

环境

硬件

通常,需要一个性能强劲的机器:服务器、工作站、台式机、笔记本,当然性能越高越好。实验室的师弟妹们不用担心,简单小脚本作业可以用自己机器,或者实验室的小型工作站。当跑大作业(耗时,吃CPU)时,可以用学校的高性能计算平台,只需在自己机器上装一个SSH客户端即可。参考以下两篇文章:

软件

因为好多开源软件,Windows运行起来不是很方便。所以操作系统推荐Linux,选一款喜欢的发行版即可,当然Mac OS完全能胜任,国外好多人都喜欢用Mac做学术和开发。

技能

计算机

  • Linux入门。要学的命令可参考Linux CheatSheets,此外还有Linux入门教程,该教程同时也包含Shell。
  • C/C++/JAVA……。经常需要处理一些数据,可能需要时不时编写一些小工具。
  • 脚本语言。Shell/Python/Perl/Ruby……以及一些开源库,真实太方便了。
  • 学习R/Bioconductor,matlab,会让你事半功倍。

英语

因为会经常读英文文献,后期可能会写英文文章,具备良好的读写能力会带来很多便利。不过也没关系,这个都是读写的过程中锻炼出来的,多读,多写,就会锻炼出来。