使用Aspera下载EBI和NCBI的数据

安装

下载客户端，官网手册，然后

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$ cp ~/.aspera/connect/bin/ascp ~/bin
$ cp ~/.aspera/connect/etc/aspera-license ~/bin

Introduction for HPC in BUCT

写在前面

官方网站: http://hpc.buct.edu.cn
作业管理系统: IBM Platform LSF
更多帮助文档可参考上交的超算中心文档，但有些咱学校未必能适用。
清华HPC手册下载
目前qtest及以上的队列可用，qtest免费，qtest以上队列收费

Comparison of different number of threads to run pindel

note

• Download pindel from https://github.com/genome/pindel at 2016/05/25
• Test data: pindel-master/demo
• Pindel version 0.2.5b8, 20151210.
• Intel® Xeon(R) CPU E5-1620 v2 @ 3.70GHz × 8
• Mermory 16G
• Ubuntu 15.04

自由上网，仅此而已

前言

网上搜翻墙工具的时候，有很多”傲慢与偏见”的工具，它们常被用来导流到一些存在”偏见”的网站。我并不喜欢那样的工具，因为它把我们从一种偏见带到了另一种偏见。我们只是向往自由，向往更开放的互联网。 以下多为设置代理方式。通过代理上网相当于代理服务器是你的上级，理论上它可以监控或更改所有流量，所有明文数据都可能被窃取。这个风险需要注意，http协议的网站谨慎输入账号密码等敏感信息。

Use IPv6 to touch Google

DNS

我只是想用谷歌搜索，谷歌学术，以及Chrome能更顺畅的同步用户数据，但还是需要费尽周折。
其实谷歌这种网站，目前IPv6可以正常解析，并未被污染，但学校的IPv6并没有自动获取DNS，这里推荐两个DNS服务器：

1. ordns.he.net: 2001:470:20::2
2. 北邮: 2001:da8:202:10::36

缘起，网站由来

缘起

域名

多年前，就想申请一个域名，也曾时不时查一查中意的域名。前几天，上万网随便搜搜，由于自己的网名zz_zigzag，下划线不符合规则（曾因下划线不能注册好多东西，所以一直在考虑是不是要换个名字……）。后来发现xiaodong.site可用，还特价，首年4元，从此开启了我的站长之路。

SSH入门用法

服务器（当前为Ubuntu）

1. sudo apt-get install openssh-server，会自动运行并开机启动。如果没有则sudo service ssh start
2. 配置文件：sudo vi /etc/ssh/sshd_config，其中默认端口Port 22，更多可用Webmin可视化配置。
3. 需要注意，可能会存在长时间无操作自动断线的问题。可在服务器配置中添加ClientAliveInterval 300和ClientAliveCountMax 5或者在客户端配置文件ssh_config添加ServerAliveInterval 300和ServerAliveCountMax 5两项，意为每300秒发送一次Alive信号保持连接，如果由于网络问题，对方未响应会在5次后断开。不过类似Xshell这种SSH客户端可能不存在此问题。

代码库源配置

Linux

• Ubuntu: /etc/apt/sources.list
• ArchLinux: /etc/pacman.d/mirrorlist
• CentOS: /etc/yum.repo.d/CentOS-Base.repo

开源镜像

BUCT(北京化工大学)

• http://ubuntu.buct.edu.cn (IPv4)
• http://ubuntu.buct6.edu.cn (IPv6)

Python 学习备忘

学习：廖雪峰Python教程

基础

输入输出

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a = input();
print('hello world')
print(100 + 200)
a = 'zhang'
print('hello', a)
print('hello %s' % zhang)
print('hello %s %s' %(a,'zhang'))