黎明之晓，日出东方

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参考基因组介绍

参考基因组（reference genome）

人类基因组计划绘制了人类的基因图谱，得到了30亿个碱基对的序列，投入30亿美元，使用第一代测序技术，将测序得到的序列组装（拼接/装配/Assembly）。这个序列也成为最初的参考基因组。

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NGS分析常用数据库简介

近些年，随着DNA测序技术的快速发展，基因组测序数据也以指数形式高速增长。由于测序的高通量性以及数据的复杂性，一些小实验室自身不具备处理和管理数据的能力。为了进一步管理和维护数据，一些大型科研机构建立了生物信息数据库，得益于计算机和网络的大发展，许多数据库公布在网上，供全世界科研界共享。

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关于测序原理

理解测序原理是一个难点，它也很重要，不然后面会有好多不明白的地方。这里推荐一篇很好的博文，三代基因组测序技术原理简介，感谢原作者。

推荐两个YouTube上的视频，可以直观的感受一下测序技术。

  1. Intro to Sequencing by Synthesis: Industry-leading Data Quality
  2. Next Generation Sequencing (NGS) - An Introduction

谷歌，百度，知网，PubMed等可以用来获取更多信息，搜索关键字可为：DNA测序，测序技术等。

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一些提高效率的系统工具

前两天总结了 一些提高效率的系统调整，现在总结一些常用的提高效率的工具。

文本编辑

通常，新机装好，我会装上一个小软件，那就是Notepad++，包括现在我在Windows下面写笔记也是用的这个，对于任何文本文件，它都可以方便的右键打开。如果是开大文件，EmEditor是个不错的选择。当然如果系统中存在一个bash终端或者有Git GUI类似可以使用Linux强大命令工具，vim/more/less可以随便用了。 Google

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一些提高效率的系统调整

这里记录自己的一些系统设置，一方面分享，一方面供自己以后重置系统后配置参考。我目前使用的是Win10专业版 build 14393。
除了一些是用于提高效率的调整，还有一些其他方面比较实用的设置。

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NGS分析介绍二：运行环境和技能

环境

硬件

通常，需要一个性能强劲的机器：服务器、工作站、台式机、笔记本，当然性能越高越好。实验室的师弟妹们不用担心，简单小脚本作业可以用自己机器，或者实验室的小型工作站。当跑大作业（耗时，吃CPU）时，可以用学校的高性能计算平台，只需在自己机器上装一个SSH客户端即可。参考以下两篇文章：

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NGS分析介绍一：前言

写在前面

研究生毕业了，一直想把上学期间的研究工作做一个总结。一方面给自己，不再从事相关工作了，将来肯定会越来越遗忘；另一方面这些东西也能给师弟师妹和相关从事人员一些启发和经验帮助，起到一个入门作用。毕业已经两个月了，当时在学校的时候就有这样的想法，但当时忙于各种毕业论文的事情，此事就暂时搁浅了。现在总归是开始了，后续可能还会有变异检测数据分析系列。我希望能尽可能把我研究生所做的课题做一个完备的总结。

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快捷方式

goagent-gtk.desktop 
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$ cat goagent-gtk.desktop
#!/usr/bin/env xdg-open
[Desktop Entry]
Type=Application
Name=GoAgent GTK
Comment=GoAgent GTK Launcher
Categories=Network;Proxy;
Exec=/usr/bin/env python "/home/zz_zigzag/software/agent/goagent-gtk.py"
Icon=/home/zz_zigzag/software/agent/goagent-logo.png
Terminal=false
StartupNotify=true

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