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SAMtools相关官方文档

SAMtools相关文档

SAMtools组织和代码库(Samtools organisation and repositories)
GitHub: https://github.com/samtools
Documentation: http://samtools.github.io/

文件格式说明(File-format specifications)

包括比对文件格式SAM、BAM和CRAM,以及变异数据格式(VCF和BCF),此外还包括一些其他格式。
GitHub: https://github.com/samtools/hts-specs
Documentation: http://samtools.github.io/hts-specs/

High-throughput sequencing tools

包括了SAMtools/BCFtools/HTSlib/Tabix/bgzip的说明文档,尤其SAMtools的文档可能会经常查阅。
安装说明常见于各个GitHub项目的README和INSTALL文件,或者http://www.htslib.org/download/ 以及

C API to HTSfile

GitHub: https://github.com/samtools/htslib
Documentation: http://www.htslib.org/doc/htsfile.html

Java API to HTSfile

GitHub: https://github.com/samtools/htsjdk
Documentation: http://samtools.github.io/htsjdk/